作物科学研究所长期主持和承担国家重点基础研究发展计划 “973” 项目 、国家高技术研究发展计划 “863” 项目 、国家重点科技攻关项目 、国家自然科学基金项目 、国家转基因植物专项、农业部种质资源保护专项、科技部自然资源科技平台项目以及国际合作项目等。

编写出版了《中国小麦品种改良及系谱分析》等科学专著和科普书刊逾百部。获得科研成果奖146项，其中包括自然科学奖1项、国家发明奖5项、国家科技进步奖16项、全国科学大会奖8项和省部级奖116项，育成通过国家和省级审定品种150个。部分成果达到国际先进水平。